合併源起
據前生科院院長林曜松教授所說：生命科學院的合併案最初係由農化系所提起，原本的計畫是希望將農化系分成三個系後改成立生命科學院。此項提案在院務會議通過後即送往學校，然而學校認為沒有動物系和植物系的生命科學院很異常，所以要求農化系成立生命科學院時要將動物學系與植物科學系納入，並請當時的教務長李嗣涔教授到反對聲音較大的動物系，與老師們一對一遊說。
但農化系資深系辦人員表示：提出成立生科院構想者為前教務長李嗣涔教授，農化系從來沒有提過要自行成立生科院，更沒想過要分成三系。後來分出生技系亦是受校方堅持成立生科院所致，因校方為減少阻力，打算以最低之系所數量通過成立。而在與生命科學相關的科系中，除了生科系，就屬農化系農製組最有相關，故將其分出，成立生命科技系。
由於當時動物系反對聲浪較大，學校無法從行政層級下手，於是改以半官方的方式請教授撰寫一份「理想生命科學系的發展」，並同意讓步此生命科學院成立一案由動物系教授規劃，不再讓農化系主導。
於是動物系與植物系各選出四位教授為代表，找尋國外經驗、擬出草案，經過校長認定後發還給動物系系主任，此項合併案才正式進入官方程序，順利送往教育部。
整格合併案分兩個階段，第一個階段內容為生命科學院的成立；第二階段內容為農化系農製組與生化科技所聯合成立生化科技學系、動物系、漁科所與植物系整合成立生命科學系。
Ø 社會期望與經濟發展
整併的風氣是從國外吹起的，全世界都在發生。過去生物科學是以研究的對象來區分系所，例如動物系、植物系和微生物系。而現在已經打破原本以生物群為區分的方式，改以研究對象之組織層級做整合研究，例如以分子的層次，細胞的層次，因而有分子生物學、細胞生物學、生理學、生態學…等不同的領域。這些領域和動物、植物都有關係，如果按照舊制分系去學習，動物系的學生就少有機會學習植物系的課，反之亦然。所以要整合各種生物對象，從組織層級切入，才能有完整的理解和學習。
以美國柏克萊大學為例，同樣是以動物系、植物系整併為生命科學系，整併後的生命科學系以細胞生物分類，而非物種分類。強調研究技術的純熟，一旦有技術，無論以什麼物種為標的都可以做研究，不限於動物或是植物。
然世界性的整併潮流也有可能是受產業、經濟影響。以國內目前政策來看，目前對生命科學系有利的產業或學術相關政策有：生物科技促進發展計畫、國科會產學計畫、經濟部有科專計畫、尖端先導性計畫、教育部生技教學計劃研擬、生技園區的設置(台北內湖、竹北-未來國家衛生院新址、雲林-臺大雲林校區附近、台南-計劃成為蝴蝶蘭集散中心、高雄、屏東-屏東為農業生物科技)`。
再以目前生技產業市場來看，其與民生產業結合如台鹽、台糖及膠原蛋白產品均非常有潛力。
Ø 空間規劃與資源整合
動物系與植物系合併後在資源整合上最顯著的改善為：原本相同的課程(約有11門)兩系各需聘有教授，現在只需聘請一半的人數或是開設一半的班級，剩餘人力或資源可用來做學術研究或開設其他課程增加學生學習的多元性或廣度。在硬體設備方面，同樣的實驗器材或是教室亦可共同使用，並有多餘資金投資於更多先進的儀器設備，使研究成績更為卓越亮眼。
合併後的生命科學系增加了約18門課，這些課程並可分為分子與細胞生物學、動物學、植物科學、演化與生態學及水生生物學五大學群。
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